Association directe

En parallèle de l'étude précédente, nous avons voulu confirmer l'association de l'allèle HLA-Cw6 avec le psoriasis de manière plus directe, c'est-à-dire en étudiant des polymorphismes du gène HLA-C. La difficulté de cette étude repose sur la complexité de la région du complexe majeur d'histocompatibilité (CMH) car le CMH représente le système génétique le plus polymorphe des systèmes biologiques. Tous les gènes, et à un degré plus important ceux de classe I et II, sont caractérisés par un polymorphisme important, caractéristique principale du système, qui en conditionne la fonction. Néanmoins, il existe un fort déséquilibre de liaison dans la sous-région contenant le gène HLA-C [Walsh et al., 2003].
Pour limiter les analyses, nous avons étudié seulement les variants qui caractérisent spécifiquement l'allèle HLA-Cw6. Un SNP en position 213 (rs1050414) ou 341 (rs1131123) sur le transcript permet, avec le SNP en position 361 (rs1131118), de typer HLA-C en distinguant tous les sous allèles de HLA-Cw6 (HLA-Cw602-11) (résumé dans le tableau 3.3Caractéristiques des TagSNPs marquant spécifiquement l'allèle HLA-Cw6).
En raison de difficultés techniques, le SNP 361 n'a pas pu être génotypé. Les résultats obtenus lors des tests d'association par le programme FBAT, sur les 45 familles, des deux TagSNPs restants, seuls ou en combinaison avec les 4 autres TagSNPs du HLA-Cw6 (rs130076, rs130079, rs1576 et rs1062470) précédemment étudiés sont résumés dans le tableau 3.4Résultats des différentes combinaisons des Tag SNPs de l'allèle HLA-Cw6 par analyse FBAT. Cette étude montre des associations significatives des différentes combinaisons de ces 6 TagSNPs avec le psoriasis. Les meilleures associations sont observées lors de l'analyse de rs1050414 avec ou sans rs1131123, et les 4 TagSNPs des gènes HCR et CDSN analysés ensemble (P=0.00002) (Tableau 3.4Résultats des différentes combinaisons des Tag SNPs de l'allèle HLA-Cw6 par analyse FBAT).
Une étude supplémentaire avec reconstitution des haplotypes les plus probables pour chaque individu de nos familles par le programme MERLIN montre comme attendu lors de l'existence d'un fort LD entre les gènes étudiés que 98% des chromosomes portant l'allèle C pour rs1050414 portent également l'allèle A pour rs1131123, expliquant que la même valeur de P est obtenue lors du test de rs1050414 avec ou sans rs1131123. De plus, environ 96% des chromosomes portant l'haplotype TTGT au niveau des deux gènes HCR et CDSN portent aussi l'haplotype CA pour le gène HLA-C. L'ensemble de ces résultats montre un fort déséquilibre de liaison entre ces 6 SNPs dans nos familles et que l'haplotype associé a une fréquence d'environ 20%. Cinquante neuf pourcent des patients génotypés

portent au moins l'haplotype à risque (CATTGT) qui n'est retrouvé que chez 31% des sujets sains. Néanmoins, n'ayant pas pu génotyper un des TagSNPs de HLA-C (rs1131118), nous ne pouvons pas exclure la possibilité que les deux autres SNPs du gène HLA-C caractérisent d'autres allèles que HLA-Cw6 dans nos familles. En effet, d'après une étude récente des différents allèles du HLA-C, 7 allèles supplémentaires (HLA-Cw0704, 0711, 0712, 0745, 1801, 1802 et 1803) sont caractérisés par le SNP rs1050414 ou l'haplotype CA. Cependant, ces allèles semblent peu présents dans la population française, excepté pour l'allèle HLA-Cw07 avec une fréquence moyenne de 2% [Bois and Jollet, 2004,Dubois and Gebuhrer, 2004]. De plus, le typage complet de HLA-C de quelques individus, réalisé par la méthode PCR-SSP, confirme bien la relation entre les porteurs HLA-Cw6 et les porteurs de l'haplotype à risque décrit par les TagSNPs. Ainsi, cette étude confirme de manière directe l'association du psoriasis avec l'allèle HLA-Cw6 dans l'ensemble des familles françaises.