Analyse après stratification des familles selon le locus PSORS1

L'association entre le psoriasis et le gène candidat est également testée en prenant en compte des porteurs ou non du facteur génétique majeur de risque du psoriasis, l'allèle HLA-Cw6 (PSORS1), dans le premier lot de familles. Cette analyse permet de conclure si l'association observée lors de la première analyse est indépendante ou non du locus majeur PSORS1 et permet aussi d'identifier de nouvelles associations dans un des deux sous-groupes stratifiés selon l'allèle à risque HLA-Cw6. Pour cela, nous avons testé, par le programme FBAT, les SNPs en stratifiant nos familles selon un haplotype à risque formé par 4 SNPs (nommés HCR-325 C>T (rs130076), HCR-1723 G>T (rs130079), HCR-2327 C>G (rs1576) et CDSN971 C>T (rs1062470)), connu pour être en déséquilibre de liaison avec l'allèle à risque HLA-Cw6 [Asumalahti et al., 2002,Capon et al., 2004a]. La reconstruction des haplotypes avec ces 4 marqueurs pour chaque individu de nos familles a été réalisée par le programme MERLIN [Abecasis et al., 2002]. La stratification de ces familles a été faite selon la présence ou l'absence de cet haplotype à risque, c'est-à-dire, par deux analyses: dans la première, seuls les individus atteints portant l'haplotype HLA-Cw6 sont pris en compte, et dans la seconde, seulement les individus atteints ne portant pas l'haplotype à risque sont étudiés.