Contrôle qualité général

En plus de la vérification des résultats obtenus pour les témoins positifs et négatifs au préalable, l'équilibre de Hardy-Weinberg est vérifié pour chaque SNP analysé sur 174 individus non apparentés et sur les individus "fondateurs" sains, grâce au programme PEDSTATS [Wigginton and Abecasis, 2005]. Le modèle théorique de Hardy-Weinberg montre que la diversité génétique de la population se maintient après quelques générations et doit tendre vers un équilibre stable de la distribution génotypique sous certaines conditions: 1- la population doit être suffisamment grande pour minimiser les effets de la dérive génétique, 2- la population est panmictique, c'est-à-dire que les unions se font de manière aléatoire, 3- il n'y a pas de mutation, de migration de population pour éviter les pertes ou les gains d'allèles. Dans le cas d'un marqueur à deux allèles A et a avec des fréquences alléliques respectives p et q, les fréquences génotypiques attendues si la population est en équilibre de Hardy-Weinberg sont fonction des fréquences alléliques: $f(A/A)=p^{2}, f(A/a)=2pq, f(a/a)=q^{2}$. Ces fréquences théoriques pour un SNP donné sont comparées à celles observées dans notre échantillon par un test de $\chi^{2}$ (1ddl) de conformité afin de vérifier que l'équilibre de Hardy-Weinberg est bien respecté dans les populations testées saines. Si une déviation par rapport à l'équilibre de Hardy-Weinberg est observée (p<0.05), cela signifie, si les conditions précédentes sont respectées, qu'il existe un problème technique sur la qualité du génotypage. De manière générale, pour tous les gènes étudiés, les SNPs, dont les fréquences génotypiques montrent une déviation significative de l'équilibre Hardy-Weinberg, ont été retirés de l'analyse. Ils sont indiqués en caractères gras dans les tableaux présentés au cours du chapitre "gènes candidats".
Les erreurs possibles de transmission mendélienne pour chaque marqueur sont contrôlées par le programme FBAT (Family Based Association Test), décrit dans la praragraphe suivant [Spielman et al., 1993].