Principe

Le génotypage par Taqman repose sur deux principes (Figure 2.6Représentation des étapes de polymérisation dans la technique TAQMAN):

• sur une PCR qui utilise une sonde oligonucléotidique spécifique de la séquence à amplifier et marquée par deux fluorophores dont l'émission de l'un, nommé "le rapporteur", placé en 5' (comme les molécules VIC ou FAM), est "quenché" (atténué) par la proximité de l'autre en 3' dit "le quencher", dû au chevauchement de leur spectre d'émission pour l'un et d'excitation pour l'autre
• sur l'activité exonucléasique 5'->3' de la Taq Polymérase qui va permettre le clivage de la sonde et provoquera ainsi la libération du rapporteur, par une séparation physique, de l'effet du quencher, ce qui aura pour conséquence d'augmenter la fluorescence émise par le rapporteur (FAM ou VIC), détectable par la machine Taqman.
  L'augmentation d'intensité du signal est proportionnelle à l'accumulation des produits de PCR.

Figure 2.7: Représentation graphique des résultats du génotypage d'un SNP bi-allélique obtenu par Taqman
Les trois nuages de points correspondent respectivement (de gauche à droite et de haut en bas) à l'homozygotie d'un premier allèle, l'hétérozygotie des allèles et l'homozygotie du deuxième allèle.