Contexte sur le locus HLA-C

Après la confirmation d'un locus majeur du psoriasis sur le chromosome 6p21 (PSORS1) dans notre étude de liaison sur les familles françaises, nous avons voulu montrer l'implication particulière, à ce locus, de l'allèle HLA-Cw6 dans le psoriasis

Figure 2.4: Schématisation du principe du séquençage
(d'après [Passarge, 2000])

Table 2.5: Liste des amorces choisis pour chaque exon du HLA-C
Amorce F : "forward" (5'->3'), amorce R : "Reverse" (3'->5')

Exon du gène HLAC	5'->3'
Amorce 1F pour l'exon2	CAGGCTCCCACTCCATGA
Amorce 1R pour l'exon2	CTCTCCGGTGGAGGGTCT
Amorce 2F pour l'exon3	CAGACCCTCGACCGGAGA
Amorce 2R pour l'exon3	CCCATTTTCCTCCCCTCCT

par une étude d'association. Pour cela, la structure du DL entre les nombreux polymorphismes au sein du gène HLA-C est étudiée afin d'analyser le nombre minimum de marqueurs nécessaires pour caractériser spécifiquement cet allèle. Malgré la complexité de la région du complexe majeur d'histocompatibilité (CMH), il existe un fort déséquilibre de liaison dans la région contenant le gène HLA-C. Ainsi, un SNP en position 213 (rs1050414) ou 341 (rs1131123) permet, avec le SNP en position 361 (rs1131118), de typer HLA-C en distinguant tous les sous allèles de HLA-Cw6 (HLA-Cw602-11) (d'après IMGT/HLA, Avril 2004 version 2.5 (www.ebi.ac.uk/imgt/hla/)). Deux des 3 TagSNPs sont présents sur l'exon 2 du gène HLA-C (rs1050414 et rs1131123) et un sur l'exon 3 (rs1131118). En raison d'une grande variabilité de la région HLA, le génotypage de ces 3 TagSNPs dans les 45 familles est obtenu par le séquençage des exons 2 et 3 du gène HLA-C.