Microsatellites

Les microsatellites sont des motifs courts d'un petit nombre de nucléotides (en moyenne de 2 à 4), répétés en tandem en nombre variable ("n" fois). Les valeurs de "n" peuvent aller de quelques unités à plusieurs dizaines. Le polymorphisme associé à ce type de marqueurs repose sur la variation du nombre d'unités de répétition ("n") constituant le microsatellite. Bien que plus denses aux niveaux télomériques, ils sont assez fréquents et uniformément répartis (environ 1 tous les 50 kb) sur l'ensemble du génome. Environ 6.5x10$^{5}$ microsatellites sont dispersés dans le génome humain [Brown, 2002]. Les marqueurs les plus couramment utilisés sont les microsatellites dus à des répétitions du dinucléotide CA, généralement localisés dans les introns ou dans des séquences intergéniques. Ces microsatellites sont hautement polymorphes par la variation du nombre de répétitions et de ce fait très informatifs. Ceci serait dû à un phénomène de glissement de l'ADN polymérase lors de la réplication de l'ADN. De plus, ils sont facilement détectables par la technique de réaction de polymérisation en chaîne (PCR) et reproductibles. La technique PCR permet d'augmenter la quantité d'un fragment d'ADN choisi au sein du génome d'un échantillon. Ceci se fait à l'aide d'amorces spécifiques de part et d'autre du fragment sélectionné, permettant son amplification. Dans le cas des microsatellites, le motif et la variation de la répétition ne sont pas spécifiques d'un locus particulier. En revanche, les régions flanquantes le sont, définissant ainsi un locus unique. Ainsi, l'amplification de l'ensemble (microsatellites+régions flanquantes) à l'aide d'amorces spécifiques de ces régions flanquantes, suivie de la séparation selon leur taille des amplifiats par électrophorèse permet de mettre en évidence les variations de longueur suivant les allèles présents d'un même microsatellite étudié. Cette technique, simple d'utilisation en routine dans le laboratoire et robuste, nécessite néanmoins de connaître, synthétiser et tester les amorces bordant le microsatellite. Cependant, ces marqueurs sont fréquemment utilisés car plus de 2000 microsatellites hautement polymorphes ont été ordonnés de manière précise (en moyenne, 1 tous les 1.6 cM) [Dib et al., 1996]. La disponibilité de cette cartographie génétique de haute résolution ainsi que le haut degré de polymorphisme des microsatellites sont fortement appréciés dans les études de liaison génétique globales ou fines, pour la cartographie de gènes impliqués dans une pathologie.