Marqueurs utilisés

L'identification des gènes responsables des maladies génétiques, telles que les maladies multifactorielles, par ces différentes approches a été rendue possible grâce à la connaissance de la position de différents marqueurs moléculaires. Les progrès récents en biologie moléculaire et le séquençage de nombreux génomes dont celui de l'homme ont conduit à caractériser des polymorphismes de l'ADN en nombre sans cesse croissant. Ces polymorphismes sont des variations de fragments d'ADN plus ou moins longs, utilisées comme des marqueurs moléculaires. Ils ont remplacés progressivement des marqueurs peu stables et adéquats dans ce type d'étude tels que les marqueurs morphologiques ou les marqueurs biochimiques. Ces marqueurs servent entre autres de repères pour suivre la transmission d'un segment de chromosome d'une génération à l'autre dans une étude de liaison.
Ainsi, un marqueur moléculaire idéal doit être:

• Déterminé: le marqueur a une position précise et unique dans le génome.
• Polymorphe: c'est-à-dire qu'il doit exister de nombreux allèles (multiallélique) pour un marqueur (plusieurs variants à un locus donné) permettant ainsi de détecter les différences entre individus même apparentés.
• Codominant: les différentes formes du marqueur doivent être détectées et permettre la distinction entre les porteurs hétérozygotes et homozygotes. L'individu hétérozygote montre donc simultanément le génotype combiné des deux parents homozygotes.
• Distribué régulièrement le long du génome: plus la couverture du génome en marqueurs est dense et bien répartie, meilleure sera l'évaluation de la région à approfondir.
• Non sujet aux influences environnementales: la révélation du génotype d'un marqueur doit être indépendante de l'environnement dans lequel l'individu vit ou son stade de développement.
• Non épistatique: le génotype à un marqueur est indépendant du génotype à d'autres locus.
• Neutre: c'est-à-dire que les différents allèles ne doivent pas avoir d'effet sur l'individu.
• Economique: facile, rapide et peu coûteux à détecter sur un grand nombre d'individus.
• Reproductible dans toute expérience de laboratoire.

Parmi les marqueurs génétiques, deux types sont largement utilisés en routine dans les études génétiques pour leurs avantages respectifs: les microsatellites et les SNPs.