Principe détaillé

Pour chaque SNP à génotyper, 3 sondes spécifiques aux SNPs sont nécessaires pour la spécificité de la réaction SNPlex. Les 2 premières sondes sont des oligonucléotides spécifiques des allèles du SNP, dites "ASOs", désignées pour avoir le nucléotide discriminant en 3'. Chaque sonde "ASO" contient une des 96 séquences uniques dites "ZipCode" qui permettra par la suite la liaison avec la sonde "ZipChute". La troisième sonde est un oligonucléotide spécifique au locus ("LSO"). La séquence de cette sonde qui est commune aux deux allèles du locus donné et se fixe donc du coté adjacent du site SNP. Ainsi, pour l'étude de 48 SNPs, il est nécessaire d'avoir 96 sondes "ASO" (2 pour chaque allèle des SNPs) avec 96 séquences "ZipCodes" différentes et 48 sondes " LSO ".
Pour permettre une amplification universelle de l'ensemble de ces SNPs, un jeu d'amorces universelles d'"ASO/LSO", appelé "linkers" est utilisé. Un "linker spécifique à chaque ASO" contenant une séquence "ZipCode" partielle permet une liaison avec celle de chaque sonde "ASO" et une séquence complémentaire à l'"amorce PCR sens" universelle (séquence UA). Le deuxième jeu de "linker" est le "linker LSO" qui se lie au "LSO" par une séquence compatible avec les différents "LSOs". Ce "linker" contient aussi une séquence complémentaire à une amorce anti-sens universelle.
Lorsque l'ensemble des sondes "ASO /LSO" et les "linkers" respectifs sont liés et fixés aux différents sites des SNPs, les séquences complémentaires aux amorces PCR, présentes sur les linkers, permettent l'amplification par PCR des régions spécifiques contenant les 48 SNPs cibles. L'ensemble de ces amplicons obtenus par PCR est ensuite révélé grâce à des sondes rapportrices, les "ZipChutes". Cette sonde clé possède une séquence se liant sur la séquence simple brin du "ZipCode". Des modificateurs de mobilité différents selon les sondes "ZipChutes" permettent la séparation par taille durant l'électrophorèse et enfin un marqueur fluorescent pour la détection du fragment.
Ayant la même couleur pour chaque allèle par SNP, la méthode utilise à la fois la taille et la couleur des sondes "ZipChutes" pour identifier les différents allèles des SNPs.